球队以“八一”命名，承载着红色文化底蕴与体育拼搏精神，早期依托上海衡源青训体系，重挖掘本土年轻球员，形成了体能充沛、作风坚韧的战术风格。2008年中甲联赛，南昌八一衡源展现强劲竞争力，以联赛亚军成绩成功冲超，2009年首次登陆中国足球超级联赛，开启江西足球顶级联赛征程。
2009赛季中超，作为升班马的南昌八一衡源表现亮眼，凭借顽强防守与快速反击战术，最终以第13名保级成功，成为当赛季最大“黑马”。阵中姜至鹏、邹仲霆、赵作峻等球员崭露头角，其中姜至鹏后续入选国家队，成为球队青训成果的典型代表。
2010赛季，受资金投入不足、阵容深度有限等影响，球队战绩滑坡，最终以联赛垫底降级中甲。2011年中甲联赛，球队一度冲击升级名额，最终位列第3名，与中超资格擦肩而过。2012年，因股权变更及地域发展调整，俱乐部迁回上海并更名上海申鑫，南昌八一衡源的历史正式终结。2014年，上海申鑫降级后散，这支曾代表江西足球的队伍彻底退出职业足坛。
尽管存在时间较短，南昌八一衡源的冲超奇迹、青训贡献与拼搏精神，仍成为中国足球职业化进程中一段独特的记忆。