在待遇方面，林丹作为军队专业技术人员，享受相应的职级待遇。其待遇体系主要包括基本工资、津贴补贴、荣誉奖励等部分。基本工资根据军衔和军龄确定，中校军衔对应的薪资处于军队中级干部水平；此外，作为专业运动员，他还享有体育专项津贴、训练补贴等，这些与比赛成绩、训练强度直接挂钩。在荣誉奖励方面，林丹多次获得军队系统的表彰，如“全军体育先进个人”等称号，这类荣誉不仅带来精神激励，也可能伴随物质奖励。
值得意的是，军人待遇还包括医疗、住房等保障。林丹作为现役军人已退役前，可享受军队医疗体系的服务，住房方面按军队规定享受相应的保障政策。不过，具体待遇细节因军队规定和个人情况而有所不同，公众可通过公开渠道了的信息主要集中在军衔等级与基本待遇框架上。
林丹的军衔与待遇，既是对他个人职业生涯的肯定，也体现了国家对军队体育人才的重视。他在赛场内外的表现，始终与军人的纪律性和拼搏精神相契合，成为军队体育的代表人物之一。