事件发生后，京都动画第一时间联合专业数据恢复机构展开抢救。技术团队针对火灾现场残留的存储设备——包括被烧毁外壳的硬盘、服务器及移动存储介质，采用低温物理拆、磁头修复、镜像数据提取等专业手段，逐一检测数据可恢复性。
经过数月持续推进，部分核心制作数据得以恢复：其中包括《紫罗兰永恒花园》剧场版的关键后期素材如部分动画分镜、配音轨、未成的原创动画项目初稿，以及工作室积累多年的美术设定稿、角色设计原档等核心资料。这些数据为后续作品推进提供了关键支撑——《紫罗兰永恒花园》剧场版能按计划上映，恢复的素材起到了重要作用。
但需明确的是，并非所有损毁数据都能全复原：起火点附近的部分硬盘因高温熔化、盘片物理损坏，法读取任何数据；部分实时备份系统在火灾初期因断电中断，导致少量最新制作进度数据永久丢失；依赖纸质存档的部分分镜稿、手绘素材，除抢救出的复本外，原版因火灾损毁法恢复。
尽管存在遗憾，恢复的数据已成为京都动画重建的重要基础。工作室此后建立异地多备份机制，将制作数据同步存储至不同地点服务器，降低类似风险。从公开进度看，核心数据的恢复已取得阶段性成果，为后续项目重启和团队创作提供了必要保障。