作为亚热带季风气候区，福建的雨季呈现明显的阶段性特征。3-4月为春雨期，冷暖空气交汇频繁，多为连续性阴雨天气，降水强度适中但持续时间长。此时全省平均降雨量约占全年的25%，气温逐渐回升，空气湿度显著增加。5-6月进入梅雨季节，西南暖湿气流与冷空气在华南地区形成稳定的锋面系统，带来大到暴雨的集中降水，部分地区日降雨量可达100毫米以上。这两个月的降水量占全年总量的35%-40%，是引发局部洪涝灾害的主要时段。
地理环境对福建雨季的空间分布影响显著。内陆山区因地形抬升作用， rainfall较沿海地区偏多20%-30%，武夷山脉东段和鹫峰山脉成为多雨中心。沿海地区则受台风外围环流影响，在6月下旬可能出现早台风带来的短时强降水，与梅雨形成叠加效应。雨季期间，福建平均相对湿度维持在80%-85%，日照时数较其他季节减少30%左右。对流性天气活动频繁，午后至夜间易出现雷暴、短时强降水等强对流天气，尤其在闽中、闽北地区更为常见。这种气候特点使得福建在雨季期间既要防范持续性降水引发的山洪地质灾害，也要应对突发性强对流天气带来的不利影响。
随着7月上旬西太平洋副热带高压北跳，福建雨季基本，随之进入高温少雨的伏旱季节。但需意，个别年份受台风登陆影响，8-9月仍可能出现集中降水过程，不过这已不属于传统意义上的主雨季范畴。