在《封神英雄榜》第一部的封神大战后，世界似乎恢复了和平，但暗流涌动。第二部以“纷争再起”为核心，讲述了新的危机降临，英雄们被迫重逢，共同面对挑战。剧情分集展开，每一集都紧扣主题，描绘了从冲突爆发到团结抗敌的历程。
开篇几集，背景设定在封神台稳定后不久。一股神秘势力悄然崛起，试图颠覆三界平衡。黑暗魔神复活，带领妖魔大军入侵人间，引发连串灾难。姜子牙在隐居中被惊动，察觉到大劫将至，于是开始召集旧部。此时，哪吒、杨戬等英雄已分散各地，过上了平凡生活，但命运的安排让他们逐渐重逢。第一集至第五集，通过多个支线剧情，展示了英雄们各自的处境：哪吒在陈塘关守护百姓，杨戬在天庭处理政务，而雷震子则在深山修炼。这些铺垫为后续的重逢埋下伏笔。
第六集至第十集，纷争升级。黑暗魔神的手下四处作乱，人间陷入恐慌。姜子牙率先行动，他前往昆仑山求取援助，途中遭遇伏击，幸得路过的黄天化相助。这一幕标志着英雄们的首次集结。与此同时，哪吒在战斗中听闻旧友消息，决定踏上寻人之旅。第十一集至第十五集，剧情聚焦于重逢场景。哪吒与杨戬在战场意外相遇，两人联手击退妖魔，重温昔日情谊。随后，雷震子、土行孙等角色陆续归队，组成了临时的抗魔联盟。这些重逢时刻充满温情，却也穿插着冲突，如雷震子因过往恩怨对杨戬心存芥蒂，但最终在共同目标下化。
第十六集至第二十集，英雄们正式集结，制定战略。姜子牙揭示黑暗魔神的真正目的：夺取封神榜，重塑三界秩序。为此，团队分头行动，哪吒和杨戬前往东海寻找神器，雷震子和黄天化则潜入魔窟侦查。第二十一集至第二十五集，高潮迭起。在东海之战中，英雄们遭遇强敌，哪吒险些丧命，但杨戬及时牺牲自己救下他，这一事件加深了团队纽带。随后，众人发现黑暗魔神的弱点，并决定联合天庭力量。第二十六集至第三十集，最终决战展开。所有英雄齐聚封神台，在重逢的团结中发动总攻。姜子牙施展大法，哪吒驾驭风火轮冲锋，杨戬复活归来助阵，最终击败黑暗魔神，恢复和平。
剧情，纷争平息，英雄们再次各奔东西，但这次重逢让他们的羁绊更加牢固。整个第二部通过分集推进，巧妙融合了冲突与温情，展现了在危机中英雄们的成长与团结。