中央特科由周恩来直接领导，下设总务、情报、行动、交通等机构，其中保密工作贯穿于各机构的核心职能。在极端险恶的环境中，特科通过建立严格的秘密工作制度，包括文件加密传递、秘密据点管理、身份伪装等措施，构建起党的安全防线。例如，特科规定机密文件需用密码书写，传递过程中采用"上下线单线联系"制度，有效防止情报泄露。
保密工作的重点在于防范内部泄密与外部渗透。特科对党员进行严格的保密教育，所有成员遵守"三不原则"：不打听关工作、不传播机密信息、不暴露组织关系。同时，通过情报网络严密监控敌特活动，及时清除内奸，确保党中央在上海等秘密据点的安全。1927年12月，特科成功处置叛徒出卖中央机关的事件，通过紧急转移文件和人员，避免了重大损失。为适应地下斗争需要，中央特科还创新保密技术与通信方式。在文件传递方面，采用密写药水、伪装包裹等手段；在人员联络上，使用代号、暗号及秘密接头地点，确保通信渠道的隐蔽性。这些措施为党在土地革命战争初期的生存与发展提供了关键保障，也为党的保密工作积累了宝贵经验。
作为党在特定历史条件下的重要安全机构，中央特科的保密工作实践，体现了中国共产党在残酷斗争中维护自身生存与发展的智慧，为后来党的保密体系建设奠定了基础。