出发阶段：成都天府国际机场起飞
航班通常于07:30从成都天府国际机场T2航站楼起飞，使用02L跑道。起飞后，飞机迅速爬升，穿过成都平原上空的薄雾，向东北方向转向。初始阶段保持较低高度约3000米，避开城市空域，途经龙泉山脉东侧后，进入重庆空域。此时飞行速度逐渐提升至800公里/小时，高度稳定在9000米左右，开启向东部的巡航旅程。
巡航阶段：跨越长江中下游上空
进入巡航阶段后，川航3U8993航班沿北纬30度线附近飞行，途经多个关键空域节点。首先穿越重庆直辖市上空，此时可俯瞰长江与嘉陵江交汇处的城市轮廓；随后进入湖北空域，掠过武汉城市群东部，高空中可见江汉平原的农田与湖泊交织景象；继续向东，进入安徽、江苏空域，途经南京禄口国际机场以南约50公里处，此时飞行高度提升至10668米35000英尺，这是该航班的巡航高度峰值。
在江苏空域短暂调整航向，转向东南，穿越长江入海口北部，进入上海空域。此时飞机开始缓慢下降，高度从10668米逐步降至6000米，准备进入浦东机场进场程序。
降落阶段：抵达上海浦东国际机场
进入上海空域后，航班沿长江口东侧航线飞行，避开浦东机场繁忙的进港航道。下降过程中，飞机依次经过崇明岛南部、长兴岛以东，最终对准浦东机场34L跑道。约09:55，飞机平稳接地，滑入T2航站楼停机位，成从成都天府到上海浦东的空中旅程。
川航3U8993航班的轨迹不仅是一条地理上的航线，更串联起西南与东部沿海的经济、文化交流，其稳定的飞行路径和高效的执飞效率，成为日常航空运输网络中的典型代表。
在江苏空域短暂调整航向，转向东南，穿越长江入海口北部，进入上海空域。此时飞机开始缓慢下降，高度从10668米逐步降至6000米，准备进入浦东机场进场程序。