对于牛奶蛋白过敏的宝宝，普通配方奶粉中的整牛奶蛋白分子是主要过敏原。
氨基酸奶粉是将蛋白质全分为氨基酸，几乎致敏性，适合中重度牛奶蛋白过敏宝宝。 因为氨基酸是蛋白质的最小单位，不会引发免疫系统的过敏反应，能从根本上避免过敏症状，如湿疹、腹泻、呕吐等。 深度水蛋白奶粉则是将蛋白质水为短肽链，致敏性较低，适合轻度至中度过敏的宝宝。 其蛋白质分子被拆到较小尺寸，大大降低了被免疫系统识别为“异物”的概率，同时保留了部分蛋白质的营养特点和口感。此外，部分宝宝可能对牛奶蛋白和大豆蛋白同时过敏，这时需避免选择大豆蛋白配方奶粉，直接选择氨基酸奶粉更为稳妥。 大豆蛋白与牛奶蛋白存在一定的交叉过敏风险，盲目替换可能法决过敏问题。
需要意的是，适度水蛋白奶粉主要用于预防过敏高风险宝宝，并非治疗已发生的过敏。过敏性宝宝的奶粉选择需在医生指导下进行，根据具体过敏反应和程度调整，同时密切观察宝宝食用后的反应。