在浙江余姚知县任上，黄其晟展现出经世济民的才干。他主持疏浚姚江河道，推行"均田丈亩法"，核查隐匿田产两千余亩，使当地赋税负担趋于公平。这些举措触动豪强利益，却让普通百姓得以喘息，时人赞其"治行冠两浙"。任满入都后，他被授刑科给事中，从此卷入朝堂漩涡。
泰昌元年1620年，黄其晟成为东林党在言路的重要力量。他连续弹劾阉党骨干邵辅忠、孙杰等人，直言"票拟大权旁落，忠良束手待毙"，因此遭到魏忠贤集团的疯狂报复。天启五年1625年，他被列入"东林党人榜"，削职归乡。在泉州清源山隐居期间，他仍撰写《山居咏史》，痛斥"奸佞误国，宵小弄权"。
崇祯元年1628年，阉党倒台后黄其晟被重新起用，历任工科都给事中、太常少卿等职。面对明末农民起义的燎原之势，他提出"招抚为主，剿杀为辅"的策略，主张开仓赈济陕西饥民，却因与主剿派政见不合而再度被排挤。崇祯十年，他在南京户部右侍郎任上致仕，三年后病逝于故乡。
这位明末士大夫的文集《心庵集》虽多散佚，但现存的奏疏中仍可见其"以澄清天下为己任"的抱负。在党同伐异的晚明政治生态中，黄其晟始终坚守东林党人"实学救世"的理念，其宦海沉浮恰是明末士大夫群体命运的缩影。