故事的起点是黄梅东山寺。弘忍作为禅宗五祖，正面临传法的难题——弟子神秀虽精进却执着于“渐修”，而寺院外的樵夫慧能虽目不识丁，却暗藏“顿悟”的根器。弘忍内心焦灼，他既渴望打破禅宗的固化藩篱，又困于传统僧规的桎梏，这种矛盾让他成了“被香火困住的肉身”，在神性的庄严与人性的欲念间反复撕扯。
此时，不二出现了。他并非寺中僧人，却常游走于寺庙与市井之间，时而与弘忍对坐论禅，时而在酒肆中与歌女调笑。不二并非传统意义上的“高僧”，他是欲望与禅意的共生体：他饮酒食肉，却能在醉眼朦胧中道出“烦恼即菩提”；他与女子缠绵，却认为“肉身的触碰是最直接的顿悟”。他像一面镜子，照出弘忍的压抑——弘忍暗恋寺中烧火僧的女儿，却只能将欲念藏在袈裟褶皱里，而不二的存在，让这种“藏”显得愈发荒诞。
随着故事推进，不二开始介入弘忍的传法抉择。他告诉弘忍：“神秀的‘身是菩提树’是给规矩做，慧能的‘菩提本树’才是给心性松绑。” 他甚至以极端方式“点化”慧能——在慧能舂米时，故意打翻米缸，逼他在狼狈中领悟“本来一物”。慧能的顿悟并非凭空而来，而是在不二的“搅局”与弘忍的暗中引导下，从生存的粗粝中淬炼出禅的本质。
高潮处，弘忍最终将衣钵传给慧能，却也在与不二的对谈中承认：“我传法给慧能，是因为他看见了‘’，而你，是活成了‘’。” 不二听大笑离去，从此消失于人海，只留下一句：“佛是过来人，人是未来佛，何必分彼此？”
故事的，慧能带着衣钵南下，开创南宗禅；弘忍在寺中圆寂，临终前终于放下对“高僧”身份的执念；而不二，成了一个没有结局的符号——他既非佛也非俗，既非善也非恶，他的存在本身就是对“不二”的诠释：所谓“不二法门”，不是否定欲望，而是让欲望与修行在肉身中达成和。
说到底，《不二》讲的不是禅宗史，而是一个关于“人如何成为人”的故事：弘忍在神性与人性间找平衡，慧能在困境中悟本质，不二在颠覆中示真相。三人的命运交织，最终指向同一个答案——真正的“不二”，是承认世间本对立，修行与欲望，神性与人性，不过是一体两面的光与影。