第二章的核心冲突，是桂昌院为巩固儿子纲吉的将军之位，与大奥中以右卫门佐为代表的旧势力展开的生死博弈。桂昌院从卑微的侧室之母，逐步凭借对纲吉的影响力渗透大奥，她利用“子凭母贵”的优势，打压异己、安插亲信，甚至不惜借“生灵信仰”制造恐慌，动摇右卫门佐的权威。右卫门佐则坚守德川家传统，视桂昌院为破坏大奥秩序的“妖妇”，双方在子嗣、权力分配、甚至将军的决策上针锋相对。
结局的转折点，始于纲吉颁布“生类怜悯令”。 桂昌院为弥补早年失去女儿松子的痛苦，向纲吉灌输“善待生灵”的理念，最终演变为严苛的法令——禁止虐待动物，尤其保护狗因松子小名“犬”。这一政策引发民间不满，也让大奥内部对桂昌院的质疑达到顶峰。右卫门佐趁机联合部分老中，试图以“妖言惑主”为由扳倒桂昌院，却被桂昌院反将一军：她利用纲吉对母亲的绝对信任，揭发右卫门佐暗中联络外臣，指控其“干涉朝政”。 最终的结局，是右卫门佐的失势与桂昌院的“全胜”。 纲吉在桂昌院的哭诉下，下令将右卫门佐逐出大奥，终身软禁于京都。曾经权倾后宫的右卫门佐，最终在孤寂中病逝。而桂昌院则彻底掌控大奥，她扶持自己的侄女成为纲吉的侧室，试图诞下继承人，但侧室最终难产而死，纲吉也再子嗣。更具讽刺的是，“生类怜悯令”的恶果持续发酵，民间暴动、财政枯竭，德川家的根基开始动摇，桂昌院虽赢得了后宫的权力，却间接为德川幕府埋下隐患。多年后，纲吉因中风去世，桂昌院失去了唯一的靠山。新将军德川家宣继位后，迅速废除“生类怜悯令”，并清算桂昌院的势力。年迈的桂昌院被剥夺所有头衔，幽禁于自己的宅邸，最终在人问津中孤独离世。她毕生追求的权力，随着儿子的死亡烟消云散，只留下一个“祸乱朝纲”的骂名。
大奥第二章的结局，以桂昌院的权力巅峰开始，以其凄凉落幕终结。这场女人的战争，没有真正的赢家——右卫门佐为传统殉道，桂昌院为权力付出代价，而大奥的高墙内，依旧重复着“胜者为王，败者为寇”的轮回。