鹰嘴龟的价格因品种、规格、品相及购买渠道不同而有显著差异。目前市场常见的鹰嘴龟主要分为平胸龟属的中国鹰嘴龟、越南鹰嘴龟、缅甸鹰嘴龟，以及部分蛋龟科的拟鳄龟俗称小鳄龟等品种。其中，原生中国鹰嘴龟国家二级保护动物，野生个体严禁买卖人工繁殖个体苗价格通常在800-1500元/只，背甲5厘米左右的亚成体价格约1800-3000元，成年种龟价格可达5000元以上。
越南鹰嘴龟因体型较大、头部比例更突出，市场价格略高于国产个体，苗价约1200-2000元，亚成体2500-4000元，成体则需6000-10000元。缅甸鹰嘴龟数量较少，苗价可达2000-3500元，成体市场流通少，价格往往超过万元。而拟鳄龟等“鹰嘴”俗称的龟类价格相对低廉，苗价仅50-200元，成体也多在500-1000元区间。
规格方面，龟苗价格通常为成体的1/3-1/2，同品种背甲每增长1厘米，价格约增加30%-50%。品相优质的个体，如背甲损伤、头纹清晰、四肢整的鹰嘴龟，价格比普通个体高20%-40%。购买渠道上，玩家社群转让价略低于宠物店，养殖场批量采购价有10%-15%折扣，而野生捕捉个体虽价格低廉苗价可能低至500元，但属于违法行为，且存活率极低。
需要意的是，野生鹰嘴龟已被列入《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》，根据《野生动物保护法》，买卖、运输野生个体将面临法律责任。目前市场流通的合法个体均为人工繁殖子代，购买时需向商家索要《水生野生动物经营利用许可证》及合法来源证明，避免触犯法律风险。