惜花芷讲述了将门嫡女花芷在家族蒙冤、满门抄斩的绝境中，凭借智慧与坚韧逆转命运的故事。
故事开篇，花芷原本是京城人人称羡的贵女，父亲手握兵权，兄长才名远扬。一场突如其来的谋逆案，让显赫的花家沦为阶下囚。父兄被斩，家产查抄，花芷从云端跌入泥沼，带着年幼的弟妹被流放岭南。
流放途中，花芷目睹人间疾苦，也见识了权力倾轧的残酷。她收起娇弱，用家传医术救治百姓，在绝境中寻找生机。蛮荒之地的三年磨砺，让她从温室花朵蜕变为柔韧野草。得知当年旧案另有隐情，她决心北上京城，为家族洗刷冤屈。
重返京城的花芷，以绣坊为掩护，暗中调查真相。她凭借过人才情，结交江湖义士与朝中清流，一步步接近当年阴谋的核心。在此过程中，她与身负秘密的靖王萧玦相遇。两人从相互试探到携手合作，在波谲云诡的朝堂斗争中，共同揭开权臣构陷忠良的黑幕。
面对昔日仇敌的步步紧逼，花芷巧用智谋化危机：在宫廷宴会上以一曲琴音破局，在灾情前夕提前囤积粮食，在科举舞弊案中揪出幕后黑手。她的胆识与智慧，不仅赢得盟友敬重，也让萧玦动了真心。当真相大白，花家冤屈昭雪时，花芷却选择远离朝堂纷争，带着弟妹归隐江南。萧玦放弃王位追随而至，两人在山水之间，续一段江湖佳话。
全书以花芷的成长为主线，既描绘了她在逆境中的挣扎与崛起，也展现了古代女子在男权社会中的生存智慧。从深闺少女到乱世智者，花芷用自己的方式诠释了\"惜花\"的真谛——不仅是爱惜花草，更是珍惜生命中的每一次绽放，珍惜患难与共的真情，珍惜历经风雨依然向上的本心。