日本的高等教育体系中并没有“一本、二本、三本”这样的分类方式，这一概念源于中国国内对高校的层次划分，若用类似逻辑理日本大学差异，可从入学难度、学术资源、学校性质等维度进行梳理。
从学校性质看，日本大学主要分为国立、公立和私立三类。国立大学由国家财政支持，如东京大学、京都大学等顶尖院校，学术资源雄厚、科研实力突出，学费相对低廉年均约53万日元，入学竞争激烈，尤其偏差值衡量学生能力的指标极高，是公认的“难关校”。公立大学由地方政府运营，水平参差不齐，部分如大阪公立大学、横滨国立大学等实力接近顶尖国立，学费略高于国立但低于私立。私立大学数量最多占总数约70%，办学定位多元，既有早稻田大学、庆应义塾大学这样的顶尖私立，也有以职业教育为主的普通私立院校，学费普遍较高年均80万-200万日元不等。
入学难度上，日本大学通过“入学考试”而非统一分数线划分层次。顶尖国立和部分私立名校如早庆上智需通过全国中心考试及各校独立命题考试，竞争激烈，偏差值常达70以上；中上游国立及地方优质公立大学偏差值多在60-70之间；而普通私立大学入学门槛较低，部分仅需提交材料或参加简单面试。这种以考试难度为核心的分层，与中国“一本”对应顶尖院校、“二本”对应普通本科的逻辑有一定相似性，但更各校专业特色。
教学与就业方面，顶尖国立大学侧重学术研究，毕业生进入科研机构、政府机关的比例较高；私立大学更重实践教育，与企业联系紧密，商科、工学等应用类专业就业率突出。不过这种差异并非绝对，如早稻田大学的政治学、庆应义塾大学的经济学均属学术重镇，而部分地方国立大学也以应用型专业见长。
整体而言，日本大学的“层次差异”体现在入学难度、资源投入和社会认可度上，但不存在严格的“本科学历等级”划分。选择时需结合专业实力、学费成本、地理位置等因素，而非单纯依据所谓“一本二本”的标签。