20世纪末至21世纪初，我国高等教育领域迎来高校合并重组浪潮，旨在优化教育资源配置，增强高校综合实力。在此背景下，上海铁道学院于2000年并入同济大学。这一合并不仅是上海高等教育布局调整的重要举措，也为同济大学在交通学科领域的发展入了新的力量。
并入同济大学后，原上海铁道学院的优势学科与同济大学的传统强项深度融合。同济大学在土木工程、交通运输工程等学科领域原本就具有雄厚实力，而上海铁道学院在铁路工程、轨道交通运输管理等方面的专业积累，进一步拓展了同济大学的学科覆盖面。两校资源整合后，形成了从铁路规划、设计到建设、运营的整学科链，使同济大学在轨道交通领域的科研与教学能力显著提升，成为国内该领域的顶尖学府之一。
此次合并不仅实现了教育资源的优化配置，也为培养复合型交通人才奠定了基础。原上海铁道学院的师资、课程体系与同济大学的教学科研平台相结合，既保留了铁路行业特色，又融入了综合性大学的多学科优势，为学生提供了更广阔的学术视野和实践机会。
如今，同济大学在轨道交通领域的发展成就，离不开当年上海铁道学院并入带来的学科积淀与人才资源。这一合并案例也成为我国高校通过资源整合实现跨越式发展的典型范例。