剧中，包拯以开封府尹的身份介入案件，面对错综复杂的线索和来自皇室的巨大压力，他始终坚持“真相只有一个”的信念。调查过程中，包拯发现案件与当年负责接生的宫女、宫中宝物“九曲玲珑塔”以及宸妃留下的信物密切相关。随着调查深入，*刘太后的权势与郭槐的狡诈层层阻碍，甚至涉及先帝遗诏与宫廷兵权的争夺*。包拯通过破塔中密文、寻找关键证人，逐步揭开了这场持续二十年的骗局。
案件的核心人物中，宸妃的隐忍与悲情令人动容。她在冷宫中苦熬半生，仅凭一枚信物与儿子相认，却因身份暴露险些遭灭口；宋仁宗则在得知自己身世后，陷入母子亲情与皇权伦理的两难抉择，其内心的挣扎成为推动剧情的关键。而反派刘太后的狠辣与野心，更折射出封建宫廷中权力对人性的扭曲。
最终，包拯在朝堂之上呈上所有证据，狸猫换太子的真相被彻底揭开。刘太后和郭槐的罪行曝光，宸妃得以平反，宋仁宗与生母相认。这一案件不仅展现了包拯“铁面私、为民伸冤”的形象，更暗含对封建皇权下冤案的反思——即使是至高上的皇室，也法逃脱正义的审判。
从九曲玲珑塔的机关设计到“龙涎香”的气味线索，从冷宫密道的惊险逃亡到朝堂对峙的紧张博弈，《少年包青天》通过紧凑的剧情与细腻的细节，将这桩历史谜案演绎得悬念迭起。案件落幕时，宋仁宗跪拜宸妃的场景，不仅是亲情的回归，更象征着法理对特权的胜利，成为全剧最震撼的瞬间之一。