在存储内存即机身存储空间方面，苹果6s提供了16GB、64GB和128GB三个版本。不同容量版本满足了不同用户的需求：16GB版本适合对存储需求较低的用户，可满足基础的APP安装和少量照片、视频存储；64GB和128GB版本则为需要存储大量媒体文件或安装大型游戏的用户提供了更多空间选择。需要意的是，苹果6s不支持外接存储卡扩展，因此用户在购买时需根据自身需求选择合适的存储版本。
这一内存配置组合在当时既平衡了成本与性能，也体现了苹果对用户体验的考量。2GB运行内存配合A9芯片和iOS系统的优化，让苹果6s在后续多年仍能保持一定的使用流畅度，成为不少用户的“钉子户”机型；而存储版本的分级则让不同需求的用户都能找到适合自己的选择，奠定了其经典机型的市场地位。