故事开篇，克劳斯正在阿拉斯加荒野执行生存测试，却突然遭遇中情局灭口小队袭击。原来，“结果”计划因“绊脚石”事件被高层视为隐患，副局长埃里克·贝尔爱德华·诺顿 饰下令清除所有计划参与者，包括特工与研发人员。克劳斯凭借过人反应侥幸逃脱，却因药物中断陷入身体机能衰退，生存成为第一要务。
为获取维持生命的药物，克劳斯锁定“结果”计划的核心生物学家玛泰博士蕾切尔·薇姿 饰。玛泰因良心不安早已退出计划，隐居在芝加哥。克劳斯以揭露计划真相为筹码，说服玛泰与其合作。两人结伴逃亡，目标直指菲律宾的秘密药厂——那里不仅是药物生产地，还存有“结果”计划的整数据。
中情局特工拜亚寇瑞·斯托尔 饰率领精英小队紧追不舍。拜亚冷血高效，对克劳斯的能力了如指掌，数次将二人逼入绝境。逃亡途中，克劳斯逐渐发现“结果”计划的恐怖真相：参与者不仅被药物改造，其家人也被中情局秘密监控，以此作为手段。玛泰则透露，药物虽能强化体能，却会导致神经系统不可逆损伤，她早已研发出戒断方案，却被中情局隐瞒。
高潮发生在菲律宾药厂。克劳斯与拜亚展开近身搏斗，玛泰趁机破数据库，将“结果”计划的全部机密发送给全球媒体。克劳斯在玛泰的戒断药物帮助下，摆脱了对药剂的依赖，最终击败拜亚。贝尔试图销毁证据时，机密已公之于众，中情局丑闻彻底曝光。
结局中，克劳斯与玛泰在混乱中分头隐退，前者恢复普通人身份，后者则带着证据消失。影片定格在克劳斯眺望远方的背影——虽告别特工身份，却仍带着未散的“谍影”，为后续故事留下伏笔。