从植物学分类来看，石榴属于石榴科石榴属，学名Punica granatum；而番石榴属于桃金娘科番石榴属，学名Psidium guajava，两者的科属关系相距甚远。
在形态特征上，石榴树为落叶灌木或小乔木，叶片呈长披针形，果实多为球形，果皮较厚且带有瘤状突起，成熟时呈红色或粉红色，内部由薄膜分隔成多室，含数百粒晶莹剔透的籽。番石榴树则是常绿小乔木，叶片为椭圆形革质，果实形状多样，有圆形、梨形等，果皮较薄且光滑，成熟时多为绿色或黄色，果肉呈白色或淡粉色，分布着细小的硬籽。
口感与风味方面，石榴的籽多汁，味道甜中带酸，果肉需吐籽食用；番石榴果肉脆嫩或绵软，味道以清甜为主，部分品种带有淡淡果香，可连籽一起食用。
番石榴和石榴是两种截然不同的水果，从分类到食用体验均关联。