2008年北京奥运会，菲尔普斯独揽8枚金牌，其中4x100米自由泳接力是他的首金之一。该项目中，美国队以3分08秒24打破世界纪录夺冠。但2013年，国际奥委会宣布，美国队成员之一的瑞克·伯恩斯因2004年药检呈阳性当时未被发现，后通过复检确认，违反反兴奋剂规定，其在2004年至2008年期间的所有成绩被取消。根据国际体育仲裁法庭CAS的裁决，美国队在北京奥运会4x100米自由泳接力的成绩随之被撤销，金牌被收回，递补给原银牌得主法国队。
需要明确的是，这枚接力金牌的取消是由于队友的个人违规，菲尔普斯本人从未涉及任何药检问题。他的其他22枚奥运金牌包括13枚个人项目金牌和9枚接力项目金牌，除2008年4x100自接力外均保持有效，且在国际奥委会的官方记录中始终被认可。菲尔普斯整个职业生涯严格遵守反兴奋剂规则，多次接受药检，从未出现阳性结果，他的竞技成就全建立在天赋、训练和自律之上。
菲尔普斯的金牌并未“全部收回”，仅有2008年北京奥运会4x100米自由泳接力金牌因队友违规被取消，这一事件不影响他作为奥运史上金牌数最多运动员的地位，其22枚有效金牌的纪录至今人能及。