该项目的投资构成中，主体工程费用约占总投资的60%，包括海上桥梁、海底隧道、人工岛等核心结构的建设。其中，长达55公里的线路中，6.7公里的海底沉管隧道是技术难度最高、造价最集中的部分，单此一项投资就超过300亿元。此外，项目还涉及大规模的征地拆迁、环境保护和配套设施建设，相关费用约占总投资的15%。
作为中国交通建设史上里程最长、投资最多、施工难度最大的跨海桥梁项目，港珠澳大桥的资金来源采用政府和社会资本合作PPP模式，由粤港澳三地政府共同出资，并引入部分社会资本参与。其中，中央政府提供专项补助资金，三地政府按比例承担主体工程投资，其余部分通过银行贷款等方式决。
这一巨额投资不仅体现了国家对区域发展的战略支持，更通过科技创新推动了中国桥梁建设水平的跃升。项目建设期间，研发投入超过30亿元，攻克了深埋沉管隧道、海上人工岛等多项世界级技术难题，形成了百余项专利成果，为后续超级工程积累了宝贵经验。
港珠澳大桥的投资规模与工程难度相匹配，其建成通车后，显著缩短了粤港澳三地的时空距离，为区域经济一体化发展提供了关键支撑，也成为展示中国基础设施建设能力的标志性工程。