从秦始皇死亡与下葬的过程来看，尸骨腐烂的可能性较大。公元前210年，秦始皇在第五次巡游途中病逝于沙丘平台今河北广宗。时值夏季，高温环境加速尸体腐败。史载赵高、李斯为掩人耳目，“行从直道至咸阳，发丧”，期间“载鲍鱼以乱其臭”——用咸鱼腥味掩盖尸臭。这说明尸体在运输途中已出现腐败迹象，尽管可能采取了简单防腐措施如降温、用布帛包裹，但面对长途跋涉和高温，防腐效果有限，尸体在高温季节长途运输，虽有防腐措施但仓促处理，初始腐败已难以避免。
从陵墓环境对尸骨保存的影响分析，关键在于墓室是否具备长期保存尸体的条件。根据考古勘探，秦始皇陵封土堆下有厚厚的夯土层，墓室可能存在严密的密封结构，理论上可形成相对缺氧环境，延缓有机物分。但陵墓历经两千余年，地质变化可能破坏密封：比如地下水渗透、墓室结构坍塌等，若地下水渗入墓室，会导致湿度升高，加速尸骨钙质流失与软组织分；若墓室长期处于潮湿、有氧环境，细菌滋生会进一步加剧腐烂。此外，史载秦陵“以水银为百川江河”，高浓度汞蒸气虽有杀菌作用，但汞的防腐效果针对的是微生物，对已开始腐败的尸体作用有限，且汞本身的毒性可能加速组织破坏。
值得意的是，目前尚考古发现能直接证实秦始皇尸骨的状态。2002年，中国考古团队通过遥感和物探技术探测秦陵墓室，发现墓内可能存在“石质墓室”和“墓室未坍塌”的迹象，推测墓内环境相对稳定。但这仅能说明墓室结构可能好，法直接判断尸骨是否留存。即便在密封、干燥、低温的理想条件下，人类尸骨尤其是软组织也难以整保存两千余年，参考马王堆汉墓辛追夫人距今约2100年的尸骨虽部分保存，但已出现严重腐烂，而秦始皇尸身初始腐败程度更高，保存难度更大。
综合来看，秦始皇尸骨很可能已腐烂。从死亡时的高温腐败、仓促下葬，到两千余年可能的墓室环境变化渗水、氧气进入等，均指向尸骨难以整留存。除非未来考古发掘证实墓室存在极端理想的保存条件，否则“尸骨已腐烂”是更科学规律的推断。