故事主线聚焦公主与内侍的禁忌之恋。福康公主作为仁宗最宠爱的女儿，自幼养尊处优却身不由己。成年后，她被指婚给母亲李宸妃的侄孙李玮，这段缺乏情感基础的政治联姻成为悲剧的开端。婚后生活的不幸让公主将情感寄托于自幼陪伴的内侍梁怀吉，两人在深宫中相互慰藉，却因身份悬殊触犯礼教。这段关系被士大夫阶层视为“秽乱宫闱”，引发朝堂激烈争论，最终仁宗不得不将梁怀吉调离，公主则被幽禁于深宫，精神逐渐崩溃。
小说同时刻画了宋仁宗的帝王困境。作为北宋在位时间最长的皇帝，仁宗以“仁政”著称，却始终在“君主”与“父亲”的角色中撕裂。他既需维护皇权统治与儒家伦理，又对女儿的遭遇深感愧疚。朝堂上，以晏殊、范仲淹、欧阳修等为代表的士大夫集团，以“礼义”为名与皇权抗争，形成“君臣共治”的政治生态，而公主的命运成为各方角力的牺牲品。
此外，小说通过后宫女性群像展现封建制度下的生存图景：曹皇后以隐忍维系中宫尊严，苗娘子在母爱与宫规间挣扎，张贵妃恃宠而骄却难逃色衰爱弛的命运。她们与公主共同构成“孤城”中的囚徒，在权力的牢笼中演绎着奈的人生。
《孤城闭》的“孤城”不仅指皇宫的物理空间，更象征权力体制对人性的封闭。梁怀吉与徽柔的爱情被皇权与礼教绞杀，而宋仁宗、曹皇后等身居高位者，同样被“帝王责任”“皇后德行”的枷锁束缚。小说终章，徽柔在孤寂中病逝，梁怀吉在宫中默默老去，个体的情感在宏大的历史洪流中归于沉寂，留下尽的唏嘘。
作品以史料为骨、文学为肉，在真实历史事件中入对人性的深刻观照，展现了北宋繁华表象下的制度困境与人性悲歌。