战斗中，卡卡西充分运用写轮眼的洞察力和雷遁忍术，多次化天道的攻击。他先后使用雷切、土遁·土流壁等术与佩恩周旋，甚至试图用分身术配合雷遁突袭天道。然而佩恩的轮回眼能力远超预期，卡卡西在连续使用神威转移天道的黑棒攻击后，查克拉消耗殆尽。当他发现佩恩的攻击模式后，用最后力气将情报通过通灵兽传递给纲手，随后被天道佩恩的黑棒贯穿身体。
在意识消散的最后时刻，卡卡西见到了父亲旗木朔茂的灵魂，两代英雄在精神世界成了跨越生死的对话。此时的卡卡西已坦然接受死亡，这个从黑暗中走出的忍者，最终在守护他人的信念中找到了内心的平静。他的生命体征在木叶医疗部的监测下彻底消失，成为佩恩入侵中牺牲的最高战力。然而命运给了卡卡西第二次机会。漩涡鸣人在击败佩恩本体长门后，以赤诚之心说服长门放弃仇恨。长门最终发动"外道·轮回天生之术"，将佩恩入侵期间所有死者复活，其中就包括旗木卡卡西。当卡卡西在医院苏醒时，阳光透过窗户洒在脸上，这个经历过生死轮回的忍者，眼神中多了几分对生命的敬畏。
这场"死亡"成为卡卡西人生的重要转折点，他在生死边界的感悟让其后期的忍者道路更加坚定。尽管在第四次忍界大战中也曾面临生死考验，但佩恩之战的经历让他真正理了火之意志的传承本质——生命的意义不在于长短，而在于守护的价值。