华中科技大学之所以被称为“南方小清华”，核心源于其与清华高度相似的工科实力与办学特色：作为“双一流”建设高校，该校机械工程、光学工程、电气工程等工科核心学科在全国排名稳居前列，学科评估A类学科数量达14个，与清华的工科优势形成呼应；同时，学校重产学研深度融合，校办企业华工科技等在行业内具有影响力，与清华科技园的产业转化模式异曲同工。此外，该校位于武汉——属于南方区域，全契合“南方”的地域限定，这也是其被纳入这一赞誉的重要前提。
除此之外，南方科技大学 作为深圳新建的高水平研究型大学，因定位高端、聚焦基础研究与创新人才培养，近年也偶有被提及“南方小清华”。不过，该校建校时间较短2012年正式招生，学科体系仍在善中，相关赞誉的普及度远不及华中科技大学。
需要明确的是，“南方小清华”仅为民间对南方高校的美誉，不代表官方对高校实力的排名，不同语境下或有不同指向，但华中科技大学始终是这一称号最核心的关联对象。