故事开篇，学校里弥漫着压抑诡异的氛围。恩珠发现，同学们私下流传着一个关于“死亡功课”的传说：据说深夜会收到匿名短信，内容是必须在规定时间内成的“功课”，若未成或失败，就会离奇死亡。 起初恩珠以为只是校园怪谈，直到同班同学敏雅在收到“用红墨水在美术室画一幅自画像”的短信后，第二天被发现死在美术室，手中握着沾血的画笔，死状与“功课”内容全一致。
恐慌开始蔓延，接二连三的学生以诡异方式死亡：有人收到“在天台背诵整的《离骚》”的功课，最终从天台坠落；有人被“在音乐教室弹奏指定旋律”，却被发现时手指断裂，倒在钢琴旁。 死亡事件的共同点是，死者都曾对十年前学校的一桩旧案讳莫如深。恩珠决心与好友妍熙一起调查真相，她们在学校档案室找到一本尘封的日记，日记主人是十年前跳楼自杀的美术生美淑。
日记里记录了惊人秘密：美淑当年是美术老师金老师最看重的学生，但金老师为追求升学率，逼迫美淑连续一周成超负荷画作，甚至在她崩溃时辱骂“废物就该消失”。最终美淑不堪压力，从美术室顶楼跳下，死前在画板上留下“功课未”的血。 而当年目睹这一切却选择沉默的学生，正是如今“死亡功课”的受害者——他们的沉默，成了诅咒的源头。
随着调查深入，恩珠收到了自己的“死亡功课”：“在午夜前，让金老师承认当年的所作所为”。 此时金老师已成为校长，极力掩盖过去。恩珠在妍熙的帮助下，将美淑的日记和证据公之于众，在全校师生面前质问金老师。面对铁证和学生们的目光，金老师终于崩溃，哭着承认当年的逼迫与冷漠。就在她说最后一句“对不起”时，美术室方向传来玻璃破碎的声音，美淑的冤魂化作白光消散，“死亡功课”的诅咒彻底除。
影片，恩珠站在美淑曾跳楼的顶楼，看着阳光穿透云层洒在校园，那些因沉默而被囚禁的灵魂，终于在真相中获得安息。李贞贤通过细腻的演技，将恩珠从最初的恐惧到后来的勇敢，刻画得层次分明，让这个关于“沉默之罪”与“救赎”的故事更具冲击力。