决战中，灰原哀研发的永久药意外被打碎，柯南在生死关头射了仅存的试验品。随着身体剧烈的疼痛，工藤新一以17岁的模样重新站在毛利兰面前，两人在硝烟弥漫的铁塔顶端相拥，小兰含泪的那句"我早就知道"化了所有隐瞒与等待。
赤井秀一与安室透的恩怨在共同对抗组织时冰释，苏格兰威士忌的真相大白让两人达成和。怪盗基德在关键时刻以滑翔翼带走关键证据，成为扭转战局的奇兵。而铃木园子与京极真的婚礼，成为这场黑暗战役后的第一缕阳光。 黑衣组织的瓦引发日本警界大洗牌，降谷零恢复公安身份，朱蒂老师返回FBI总部。少年侦探团捧着柯南留下的蝴蝶结变声器，在帝丹小学的樱花树下约定永不忘记这个小个子侦探。工藤新一在记者会上公开"江户川柯南"的存在，工藤优作与有希子在台下露出欣慰的笑容。最终幕定格在毛利侦探事务所，新一以高中生侦探的身份重新接手案件，小兰端来的柠檬派散发着熟悉的香气。墙上"名侦探柯南"的样逐渐淡去，取而代之的是"工藤新一"的名牌在阳光下熠熠生辉。