不过，部分中小型金字塔或未被盗掘的附属墓葬中，曾出土过木乃伊遗迹。例如，在萨卡拉地区的阶梯金字塔左塞尔金字塔附近，考古学家发现过疑似法老左塞尔的木乃伊碎片，但由于保存状况极差，法全确认身份。在代赫舒尔的红色金字塔内，也曾发现过一具石棺，尽管棺内没有整木乃伊，却留有防腐材料的痕迹，暗示这里曾安葬过法老。此外，一些非金字塔结构的法老陵墓如帝王谷的图坦卡蒙墓中出土的木乃伊，也从侧面印证了金字塔作为陵墓时，确实有存放木乃伊的传统——只是多数金字塔未能逃脱被盗的命运。
值得意的是，并非所有金字塔都是法老陵墓。部分小型金字塔可能属于王后或贵族，其内部结构相对简单，防盗措施薄弱，木乃伊留存概率更低。而少数未成的金字塔，甚至可能从未真正安葬过逝者。
综上，金字塔最初建造的核心目的之一是存放法老木乃伊，但受盗墓、历史变迁等因素影响，现存金字塔中整的法老木乃伊极为罕见。多数情况下，我们只能通过残留的空棺、防腐材料痕迹或附属墓葬的发现，间接推断金字塔曾与木乃伊共存的历史。