第一幅微笑：TV版《新世纪福音战士》第23话《泪》
这是凌波丽最广为人知的经典微笑，出现于1995年播出的TV版第23话《泪》。剧情中，编号为第16使徒的“霰天使”入侵NERV，碇真嗣驾驶的EVA初号机陷入困境。凌波丽为保护真嗣，主动开EVA零号机的限制器，选择与使徒同归于尽。在冲向使徒的瞬间，她透过驾驶舱望向真嗣，露出了一个极其短暂却温柔的微笑。这一微笑打破了她长期以来的冷漠外壳，是角色从“人偶”向“拥有自我意识”转变的关键标志，也成为EVA粉丝心中永恒的经典画面。第二幅微笑：新剧场版《福音战士新剧场版：Q》
随着EVA新剧场版系列的重启，凌波丽的角色设定与故事线发生调整，其微笑场景也有了新的呈现。在2012年上映的《福音战士新剧场版：Q》中，真嗣从14年的沉睡中醒来，世界已面目全非。此时的凌波丽是“Mark.09”型号的复制体，记忆被重置，但对真嗣仍保留着模糊的情感联结。在与真嗣的一次互动中，她因真嗣的话语而露出困惑却带有暖意的微笑——这一微笑不同于TV版的决绝与牺牲，更像是“新丽”在空白人格中对情感的初次试探，既保留了角色的神秘感，又赋予了新的叙事张力。凌波丽的两幅微笑分别对应EVA的两个重要版本：TV版第23话的经典牺牲之笑，与新剧场版《Q》的重置试探之笑。二者虽场景与内涵不同，却共同勾勒出这个复杂角色在不同时空下的情感觉醒轨迹，成为EVA系列中跨版本的情感符号。