随着调查深入，幽灵发现泰坦集团的真正目的是利用改造人建立私人武装，全球能源市场。他在逃亡途中遇见反抗组织“自由阵线”，结识了同样被改造的女战士“夜莺”。两人合力破泰坦集团的数据库，发现所有改造人都被植入自毁程序，一旦失去利用价值便会被抹杀。
影片高潮部分，幽灵与夜莺潜入泰坦集团位于北极圈内的地下实验室，试图销毁改造人的母电脑。在此过程中，他们遭遇计划总负责人“主教”——一个将自己改造成半机械体的疯狂科学家。主教启动终极武器“审判日”程序，数百名失控改造人向人类城市发起攻击。
最终决战在实验室核心区域展开，幽灵在夜莺牺牲的激励下，打破基因锁释放全部潜能，徒手摧毁母电脑。主教启动自毁装置时被倒塌的钢铁结构掩埋，而幽灵则带着救的改造人军团冲出爆炸的基地。影片定格在幽灵望着朝阳升起的画面，暗示改造人与人类的共存之路刚刚开始。