从来源看，其原料主要包括农作物秸秆、禽畜粪便、动植物残体、厨余垃圾等有机废弃物。这些物质原本是农业生产或生活中的“副产品”，通过堆肥、沤肥、沼气发酵等工艺，在微生物作用下分转化，最终形成具有肥效的有机物料。
生产过程中，微生物的分作用是关键。在适宜的温度、湿度和通气条件下，微生物将复杂的有机物如纤维素、蛋白质分为简单的小分子物质，同时释放出二氧化碳、水和热量，最终形成稳定的腐殖质。这一过程称为腐熟，能有效杀灭原料中的病原菌和虫卵，消除异味，使养分更易被作物吸收。
有机肥的主要成分为有机质，同时含有氮、磷、钾等大量元素以及钙、镁、硫、铁等中微量元素。与化学肥料相比，它的养分释放速度较慢，但持续时间长，能改善土壤结构，增强透气性和保水性，避免土壤板结；同时缓慢释放养分，避免化学肥料的“烧苗”风险，减少环境污染。此外，有机肥还能促进土壤微生物活动，提升土壤生态系统活力，为作物生长创造更健康的环境。
在农业应用中，有机肥需充分腐熟后施用，避免未腐熟肥料在土壤中二次发酵产生高温灼伤根系。根据不同作物和土壤类型调整施用量，可作为基肥或追肥使用，广泛适用于粮食作物、蔬菜、果树等各类农作物，尤其在有机农业和生态种植中占据核心地位。