特别行政区的高度自治权体现在多个方面：行政管理权上，可依照基本法自行处理区内行政事务，包括经济、教育、科学、文化等；立法权方面，立法机关有权制定适用于本地的法律须报全国人大常委会备案；独立的司法权和终审权确保司法体系独立运作。此外，还享有一定的对外事务处理权，如在经济、文化等领域以“中国香港”“中国澳门”名义参与国际合作。
然而，根据宪法和基本法，特别行政区的自治权存在明确边界，不包括涉及国家主权的核心权力。具体而言，国防权由中央人民政府统一行使，中央政府负责特别行政区的防务，保障国家主权与领土整；外交权属于中央人民政府，外交部在特别行政区设立机构处理外交事务，特别行政区的对外交往必须在中央授权范围内进行。此外，宣战、媾和、缔结国际条约等主权行为，以及修改特别行政区基本法的权力，均由全国人民代表大会行使。
这一权力划分原则，既保障了特别行政区的高度自治，又维护了国家主权、安全和发展利益，体现了“一国两制”的核心要义——在坚持一个中国原则的前提下，保持特别行政区的独特优势和长期繁荣稳定。任何试图突破自治权边界、挑战中央主权的行为，都违背宪法和基本法精神，也损害特别行政区的根本利益。
中央与特别行政区的关系是授权与被授权的关系，高度自治权源于中央的依法授予。这一制度设计确保了国家统一与地方自治的有机统一，为特别行政区的发展提供了坚实的法治保障。