在儿童心理关怀领域，吴慈美提出“全人教育”理念，教育需兼顾知识传授与人格培养。她主导编写《儿童情绪管理教案》，被台湾地区教育部门纳入小学必修课程，推动心理健康教育规范化。此外，她还创办“彩虹儿童之家”，为单亲家庭及留守儿童提供课后托管与心理辅导服务，累计服务儿童超5000人次。
吴慈美的公益实践具有跨领域协作特色。她积极促成政府、企业与NGO三方合作，创建“教育资源共享平台”，整合企业捐赠物资与高校志愿者资源，形成可持续的公益生态链。2010年，她发起“两岸儿童教育论坛”，促进两岸教育工作者交流经验，推动优质教育模式互鉴。
因其突出贡献，吴慈美先后获得台湾地区“公益贡献奖”“教育奉献奖”等荣誉，并于2018年入选“亚洲公益影响力人物榜”。尽管已年过七旬，她仍持续参与公益项目督导，其“以教育赋能改变命运”的理念影响了一代公益从业者。
吴慈美的职业生涯始终围绕“教育公平”与“儿童成长”两大核心，她的实践不仅改善了台湾地区弱势儿童的教育环境，更搭建了跨界合作的公益平台，为社会公益事业发展提供了可借鉴的模式。