从地质学角度看，砭石多为微晶灰岩或变质岩，形成于数亿年前的沉积环境。其常见颜色以深灰、墨黑、暗褐为主，部分带有土黄或青绿底色。这种深色基调源于矿石中含有的铁、锰等金属元素，以及碳质成分的富集。例如，山东泗滨地区的“泗滨砭石”，因产地独特的地质构造，常呈现暗灰色或墨黑色，表面可见细密的纹理，触摸时有温润之感。
部分砭石会因矿物成分差异呈现特殊色调。若矿石中含赤铁矿，可能带有暗红色斑点；含绿泥石时，则会透出浅绿光泽。这些颜色变化并非杂质所致，而是天然形成过程中矿物共生的结果。值得意的是，砭石表面经打磨后，颜色会更显均匀，深色系矿石可能泛起柔和的哑光，而非鲜艳光泽。
市场上曾出现“砭石越黑越好”的说法，这是对颜色的误读。颜色深浅与砭石品质直接关联，核心在于其物理特性与药用价值。优质砭石需具备细腻的质地、良好的导热性和超声波特性，这些指标与颜色关。例如，某些浅灰褐色砭石，因结构致密、矿物成分稳定，反而更医用标准。
总之，砭石的颜色是其天然属性的直观体现，从深灰、墨黑到暗褐、青绿皆有可能。判断砭石价值时，应关其产地、成分与物理特性，而非单一颜色。了这一点，便能更客观地认识这种承载着千年中医智慧的天然矿石。