随着反派退场，首要任务是修复时空紊乱。来自金时空的汪大东、丁小雨、王亚瑟，以及铁时空的呼延觉罗·修假刘备，在成使命后必须返回原时空。刘备换回自己的身体，了被修替代的“借身”生涯。临别前，修与孙尚香叶赫那拉·宇香上演催泪告别——因时空法则限制，两人最终选择放手，孙尚香留在银时空守护家人，修则带着回忆回归铁时空。
三国格局的走向成为故事收尾的核心。曹操在经历战火洗礼后，凭借“宁我负人，毋人负我”的枭雄气质，最终统一中原，建立魏国；孙权则以江东为根基，巩固势力，形成吴国；而换回身体的刘备，虽失去修的“主角光环”，却在兄弟们的支持下坚守蜀国，三国鼎立的局面正式形成，呼应了历史框架却又保留终极系列的奇幻色彩。
五虎将的结局同样牵动人心。关羽在与貂蝉经历生死考验后，最终选择追随刘备，继续守护蜀国；张飞始终是刘备最忠诚的兄弟，留在身边辅佐；赵云则放下执念，成为蜀国的“常胜将军”；马超与黄忠也各自在军中担任要职。值得一提的是，貂蝉在大战后选择隐居，与关羽约定“若有缘再见”，为这段乱世情缘留下开放式结局。
最后，时空裂缝闭合，银时空回归正常轨迹。所有来自其他时空的“过客”消失，英雄们在属于自己的时空中继续书写传奇。《终极三国》的结局没有绝对的“圆满”，却以“时空归位，各自安好”的设定，诠释了“终极系列”一贯的主题——每个时空都有自己的秩序，英雄的使命终会落幕，但记忆与精神永不消散。