整部电影里，玫瑰成了林晓棠的影子。她的课桌抽屉里总放着一本植物图鉴，夹着干透的玫瑰花瓣；校服口袋里装着小剪刀，趁午休偷偷去修剪生物园的玫瑰；甚至在下雨天，她会把自己的伞倾斜到玫瑰丛上方，自己半边肩膀淋得湿透。她像那朵玫瑰一样，把所有的心事都藏在层层叠叠的花瓣里，从不敢让阳光直直照进来。
电影里最动人的一幕，是毕业晚会前的黄昏。陈默在公告栏前贴画展通知，林晓棠抱着一捧刚剪下的玫瑰从旁边经过。玫瑰的刺扎进她的掌心，渗出血珠，她却没察觉——陈默的画里，画的正是生物园那株玫瑰，旁边用铅笔写着小：“赠晓棠，见花如见你。”
她停下脚步，抱着玫瑰的手越收越紧，花瓣落了一地。陈默转过头，看见她红透的脸颊，像极了玫瑰最中心的那抹艳色。他想说什么，喉结动了动，最终只是笑了笑：“花很漂亮。”
电影的结局没有拥抱，没有告白。 林晓棠把那幅玫瑰图贴在日记本的最后一页，旁边写着一行：“玫瑰开了，你却没看见。”多年后，她在同学聚会上再遇见陈默，他说当年画展后，他在生物园等了她三小时，手里握着一枝刚开的玫瑰，直到花瓣被风吹得七零八落。幕布暗下来时，影院里响起细碎的抽泣声。她摸了摸自己的眼角，原来每个人心里都有一株羞答答的玫瑰，在某个寂静的午后悄悄绽放，又在某个人知晓的黄昏，带着未说出口的爱，轻轻枯萎。
而那首歌，就像电影里的玫瑰一样，成了藏在时光里的秘密——关于青春，关于暗恋，关于那些静悄悄的心动，和永远没机会说出口的“我喜欢你”。