从地理坐标来看，遗址大致分布在点军区点军街道办事处辖区内，北临长江，南接磨基山余脉，东邻卷桥河，西至艾家镇交界地带。周边有江南路、五龙路等主要交通干线，距离宜昌长江公路大桥约3公里，交通便利，便于考古调查与研究。
作为三峡地区重要的新石器时代遗址，宝塔湾遗址的地理位置具有鲜明的长江流域特征。其所在的点军区历史上便是宜昌城南的重要区域，而“宝塔湾”之名因江湾形态得名，至今仍保留着与长江相关的地理风貌。遗址的发现，为研究长江中游早期聚落分布、先民生产生活方式提供了重要实物资料。
需要意的是，由于遗址保护的需要，具体考古发掘区域未全对外开放，公众可通过宜昌市文物部门发布的信息了其大致方位。若前往探寻，可沿江南路行驶至磨基山公园附近，远眺长江沿岸，感受这一古遗址所处的独特地理环境。