剧中，鹿飞放弃出国深造的机会，选择留在国内与艾若曼共同面对生活。他不再隐藏自己的情感，主动参与艾若曼的创业项目，两人从互相扶持的朋友转变为并肩作战的伴侣。艾若曼则学会卸下职场强人的盔甲，在鹿飞面前展现柔软一面，彼此治愈原生家庭带来的情感创伤。
配角们也迎来各自的圆满结局：丁宇扬放下执念后专事业，清清与安卓修成正果，就连一直单身的奶奶也在老年大学找到兴趣归宿。剧中穿插的职场线最终以艾若曼的公司成功融资收尾，事业与爱情的双丰收构成了结局的温暖底色。结局最后一个镜头停留在两人并肩走在梧桐树下，鹿飞自然牵起艾若曼的手，背景音响起初遇时的钢琴曲。没有盛大求婚或婚礼场景，却用生活化的细节诠释了“陪伴是最长情的告白”，呼应了剧名“进化论”所传递的“爱情需要时间沉淀与自我成长”的主题。