主线：父亲大人的覆灭与真理的救赎
故事的最终决战围绕“烧瓶中的小人”父亲大人展开。这个由霍恩海姆分离出的“负面存在”，试图通过吞噬全国人民的灵魂成为“美存在”。在爱德华、阿尔冯斯兄弟，以及罗伊·马斯坦、奥利维亚·阿姆斯特朗等伙伴的联手下，父亲大人的阴谋被彻底粉碎——他试图吸收“真理”时，因自身缺乏“人类的情感与羁绊”，被真理反噬，化作尘埃消散。兄弟：以“失去”换“回归”的抉择
父亲大人被击败后，兄弟俩仍需面对“恢复身体”的最终难题。阿尔冯斯为保护爱德华，选择以自身灵魂和记忆为代价，开启“真理之门”换回哥哥的手臂。而爱德华则做出了更震撼的决定：他以放弃炼金术为代价，彻底关闭自己的真理之门，换回阿尔冯斯的身体与记忆。当真理之门在爱德华面前消失，他失去了炼金术的能力，却拥抱了真正的“等价交换”——用曾执着的力量，换回最重要的亲人。最终，阿尔冯斯恢复了少年的身体，爱德华则带着机械左臂，与弟弟一同回到了故乡利塞布尔。
伙伴：各自的归宿与新生
主要角色们也迎来了贴合命运的结局：- 罗伊·马斯坦：在克服“人体炼成”的代价视力受损后，凭借实力与威望，最终成为亚美斯多利斯的大总统，致力于推行“不依靠炼金术的和平”。
- 温莉·洛克贝尔：作为爱德华的青梅竹马，始终支持兄弟俩。结局中，她与爱德华结婚，生下一儿一女，在利塞布尔经营着机械铠工坊，成为家庭的温暖港湾。
- 霍恩海姆：在生命最后时刻，回到妻子特丽莎的墓前，平静地闭上眼睛，了漫长而孤独的赎罪之旅。
- 斯卡：放下复仇执念，参与国家重建，用炼金术帮助战乱后的民众恢复家园。
尾声：不再依赖炼金术的人生
结局的最后一幕，爱德华与阿尔冯斯告别家乡，踏上新的旅程——这一次，他们不再追寻贤者之石，而是以普通人的身份看世界。爱德华对温莉承诺“一定会回来”，阿尔冯斯则带着对未来的憧憬前行。没有了炼金术的奇迹，兄弟俩却拥有了更真实的羁绊与生活，印证了“等价交换”的真谛：失去的终将以另一种方式回归，而最重要的事物，从不需要炼成阵来换取。这便是《钢之炼金术师》的结局：在牺牲与救赎中，每个人都找到了属于自己的“真理”，留下一个关于成长、亲情与和平的温暖收尾。