万贵妃的死讯传入明宪宗耳中时，这位依赖她数十年的皇帝竟悲痛欲绝，哀叹道：“万侍长去了，我亦将去矣。” 宪宗为万贵妃辍朝七日，以皇后之礼将其安葬于天寿山陵区，谥号“恭肃端慎荣靖皇贵妃”，规格远超一般妃嫔。 这种超越常规的哀荣，既是两人畸形情感的终点，也折射出成化朝后宫权力结构的失衡。
随着万贵妃的病逝，她生前构建的势力集团迅速瓦。其弟万喜等人被革去官职，家产抄没，依附于她的宦官与外戚势力也受到清算。更为关键的是，万贵妃死后，明宪宗的精神支柱彻底崩塌，同年八月便追随她而去，在位二十三年的统治画上句点。 这对相差十七岁的帝妃，以近乎同步的死亡，为成化朝的荒诞与悲情写下了脚。
历史对万贵妃的评价始终两极分化。她既是宪宗情感世界里的“唯一”，也是宫廷斗争的操弄者。其结局看似偶然的“痰厥”，实为长期专权导致身心俱疲的必然结果，而她与宪宗相伴至死的命运，也成为中国古代宫廷史上最具争议的一段传奇。