作为独立学院，康尼学院依托南京工程学院的优质教育资源，开设了机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、计算机科学与技术等应用型专业，培养面向工程技术领域的本科人才。其招生计划、收费标准等均按照独立学院机制执行，学费相对公办院校较高，这也是“三本”院校的典型特征之一。
2020年起，国家推动独立学院转设工作，独立学院通过合并转设、转为民办本科高校或终止办学等方式成转型。根据相关政策及公开信息，南京工程学院康尼学院于2021年终止办学，其相关办学资源整合至南京工业职业技术大学公办本科层次职业学校。自此，原“南京工程学院康尼学院”的独立学院身份不复存在，不再以独立主体参与高考招生。
需要意的是，随着各省高考招生批次改革的推进，“一本、二本、三本”的传统批次划分已逐步取消，多数省份合并为“本科批”。但在改革前，康尼学院的“三本”定位是明确的；而在转设终止后，其办学主体已变更，原招生批次属性也随之失效。
综上，南京工程学院康尼学院在办学期间属于本科第三批次三本独立学院，2021年后因转设终止办学，相关招生及批次划分已成为历史。