重庆医专位于重庆市主城区，现有沙坪坝、江津两个校区，地处都市核心圈，交通网络发达，医疗资源密集，周边分布着多家三甲医院及科研机构。这种区位优势为医学教育提供了天然的临床教学与科研合作平台，能有效提升学生实践能力和师资科研水平。同时，主城区的人才吸引力、政策支持力度远高于非核心区域，合并后主校区设在这里，可快速整合两校优质师资、设备资源，形成规模效应，重庆建设“医学教育高地”的战略规划。
三峡医专所在的万州作为渝东北区域中心城市，其校区可保留为分校区，承担区域医学人才培养、基层医疗服务培训等职能。万州校区在渝东北及川东地区有深厚的教育积淀，分校区的设置既能延续其服务地方的传统，也能通过主校区的资源辐射，提升区域医学教育质量，实现“主城区引领、区域协同”的发展格局。
主校区选址主城区，并非对万州资源的舍弃，而是通过“一主一分”的布局，兼顾教育资源集中与区域均衡发展的需求。这种模式既利于合并后的学校在科研、教学上形成核心竞争力，又能避免重复建设，最大化利用现有校区设施。未来，随着两校资源的深度融合，主城区主校区将成为集教学、科研、临床于一体的医学教育旗舰，万州分校区则专于基层医疗人才培养，共同推动重庆医学教育事业的高质量发展。