动画版：孤独神座与三周目重逢
动画版结局中，雪辉在最终决战后成为了「时空之神」，却因失去由乃陷入永恒孤独。他在神座上度过三万年，见证数世界轮回，始终法填补空缺。最终，雪辉以神力召唤出「三周目世界」的由乃——这个世界的由乃未经历生存游戏，失去了与雪辉相关的记忆。尽管记忆空白，两人在樱花树下相视的瞬间，由乃下意识说出「雪辉」的名字，暗示命运的线仍在连接。动画以开放式温柔收尾，雪辉选择留在这个世界，用余生陪伴失忆的由乃。漫画版：轮回终结与新世之初
漫画原著的结局更为直接。雪辉成为神后，在尽时光中发现「二周目由乃」并未全消失——她在自杀前将记忆碎片存入日记，通过时空缝隙进入三周目。雪辉找到轮回中的由乃，两人在新世界的废墟上相拥。不同于动画的失忆设定，漫画里的由乃恢复了所有记忆，与雪辉共同选择放弃神座，以人类身份在新的世界重启生活，彻底斩断生存游戏的循环。特别篇《Redial》：记忆归来的补
作为动画的补充，特别篇《Redial》聚焦三周目由乃。她虽未参与游戏，却因「日记碎片」的残留，反复梦见关于雪辉的破碎记忆。在雪辉的引导下，由乃通过「时空扭曲」恢复了整记忆，终于记起两人跨越生死的羁绊。最终，她与雪辉在第三世界的黄昏中重逢，明确了「彼此是唯一归宿」的结局，弥补了动画版的留白。论是动画的含蓄、漫画的决绝，还是特别篇的补，《未来日记》的结局始终指向同一个核心：即使时空断裂、记忆消散，雪辉与由乃的羁绊也能穿透轮回，成为彼此生命里不可磨灭的「未来日记」。