故事围绕桐岛青大与枝叶柚希的异地恋展开。青大为追随柚希从广岛来到东京，却因误与现实压力陷入情感挣扎，期间与青梅竹马的神咲明日香重逢，三人的关系在甜蜜与苦涩中交织。动画前半段聚焦青大在东京的成长与情感摇摆，后半段则将镜头拉回两人最初相遇的小镇，揭开过往误会的根源。
动画结局中，青大在樱花盛开的小镇车站追上即将离开的柚希。 经历东京的分离与小镇的重逢，两人终于不再逃避内心的真实感受。柚希坦白当年离开广岛的原因——并非不爱，而是因家庭变故与对未来的恐惧选择独自承担；青大也放下青春期的执拗，承认自己曾因自卑与猜疑推开对方。樱花树下，青大说出“这次换我走向你”，柚希含泪点头，两人约定以更成熟的方式重新开始，小镇的风带着樱花花瓣，见证着这份失而复得的羁绊。而神咲明日香的结局同样令人动容。作为一直默默守护青大的青梅竹马，她在海边向青大坦诚多年心意后，笑着转身离开。她没有纠缠，而是选择成全，对青大说“你幸福就好”，独自踏上前往京都的列车，将青春的遗憾化作成长的勇气。 明日香的放手并非，而是另一种圆满——她终于与自己和，也让青大更加明确对柚希的感情。
动画在青大与柚希并肩走在小镇街道的画面中落幕，阳光洒在两人身上，背景音是小镇熟悉的蝉鸣与风声。没有激烈的誓言，只有历经波折后的平静与笃定。这个结局没有给出明确的“未来”，却用小镇的生机与两人的默契暗示：只要初心仍在，“你的小镇”便永远是彼此的归宿。
《有你的小镇》动画结局以“重逢与和”为核心，将青春期的懵懂、误与成长浓缩在小镇的时空里，用樱花、海风与街道勾勒出最温柔的答案——爱不是占有，而是历经风雨后，依然愿意走向对方的勇气。