在最终决战中，罗伊德·班宁斯率领的特别任务支援科最终挫败了“结社”的阴谋。通过众人合力，他们阻止了怀斯曼教授的“幻焰计划”第二阶段，并在次元夹缝中击败了被秘法控制的“碧之虚神”。怀斯曼因计划失败，被因果律反噬彻底消失，而碧之大树的核心被破坏，克洛斯贝尔上空的空间扭曲逐渐平息。
主导事件的“零之至宝”琪雅，在意识觉醒后选择了自我牺牲。她以“零之至宝”的力量净化了因果律扭曲，将克洛斯贝尔从空间崩坏的危机中挽救，自身却化作光粒子消散。这一结局让罗伊德等人悲痛万分，但也让他们更坚定了守护城市的信念。
事件后，罗伊德正式接任特别任务支援科科长，带领艾莉、缇欧、兰迪等伙伴继续维护克洛斯贝尔的秩序。城市在经历动荡后迎来短暂和平，但政治独立问题仍未决，帝国与共和国的势力依旧暗流涌动。
结局的最后场景中，消失的琪雅留下了一枚发光的吊坠，暗示她并未全消散。而艾约组合与游击士协会的介入，以及帝国与共和国对克洛斯贝尔的觊觎，均预示着这片土地的命运将在《闪之轨迹》系列中继续展开。