有机农药的成分则是有机化合物，即含碳的化合物，包括天然有机物和人工合成有机物。天然有机农药如除虫菊素来自除虫菊、鱼藤酮来自鱼藤根；人工合成有机农药如有机磷类敌敌畏、乐果、拟除虫菊酯类氯氰菊酯、氨基甲酸酯类西维因等。它们的分子结构复杂，常含有碳、氢、氧、氮、磷等元素。
作用机制不同 机农药多通过物理或化学方式发挥作用。例如，硫磺粉通过挥发产生的硫化氢抑制病原菌呼吸酶活性；波尔多液中的铜离子能破坏病菌细胞壁和细胞膜，导致细胞液外渗；砷制剂则通过与生物体内的巯基结合，阻断酶的活性。这类作用机制缺乏特异性，对多种生物均有杀伤效果。有机农药则主要作用于生物体内的特定生理过程。如有机磷农药抑制乙酰胆碱酯酶，导致害虫神经递质积累，引发肌肉痉挛死亡；拟除虫菊酯类干扰钠离子通道，破坏神经传导；某些除草剂如草甘膦则抑制植物体内的氨基酸合成酶，阻断蛋白质合成。其作用机制具有较强的靶向性，对特定 pests 的杀伤效果更精准。
残留性与降速度不同 机农药化学性质稳定，不易降，残留期长。例如，砷、汞类化合物可在土壤中积累，通过食物链富集，对生态环境和人体健康造成长期危害；铜制剂虽低毒，但长期使用也会导致土壤铜含量超标。有机农药多数易被生物或环境因素降，残留期较短。生物源有机农药如除虫菊素在光照、温度作用下易分，残留期仅数天；人工合成的低毒有机农药如氯菊酯在土壤中半衰期通常为1-4周。但部分有机农药如有机氯类化学性质稳定，也会长期残留如DDT半衰期可达数年，不过这类高残留品种已逐渐被禁用。
环境与生态影响不同 机农药毒性多为非选择性，对有益生物和目标 pests 差别杀伤。例如，波尔多液在防治真菌病害时，也会杀死蜜蜂、瓢虫等授粉昆虫和天敌；砷制剂不仅毒杀害虫，还会污染土壤和水源，危及水生生物。有机农药的选择性较高，对目标生物针对性更强。如拟除虫菊酯类对鳞翅目害虫毒力强，但对蜜蜂毒性较低；生物源农药如苏云金杆菌仅对特定昆虫幼虫有效，对人畜和益虫安全。低毒有机农药的广泛应用，显著降低了对生态系统的破坏风险。
适用场景不同 机农药适用于防治病害、耐储存作物或长期保护场景。例如，波尔多液常用于果园防治霜霉病、炭疽病；硫磺粉可防治小麦锈病和白粉病；其稳定的特性适合对储存期长的作物如马铃薯、苹果进行防腐处理。有机农药则更适合虫害防治、短期收获作物或精准施药需求。如敌敌畏用于蔬菜蚜虫、菜青虫的快速防治；草甘膦作为除草剂广泛应用于农田除草；生物源农药如印楝素则适用于有机种植中对安全性高的作物如茶叶、蔬菜。
机农药与有机农药的区别，本质是机物与有机物在化学性质、生物活性上的差异体现。两者各有优劣，在农业生产中需根据防治目标、作物特性和环境合理选择，以实现高效控害与生态安全的平衡。