故事核心围绕meta-human少年被秘密拐卖至全球各地展开。这些拥有超能力的孩子成为黑市交易的“商品”，被犯罪组织、政府机构甚至外星势力利用。夜翼迪克·格雷森在调查中发现，背后操纵这一切的是来自致远星的致远族——一个以掠夺meta-human能力为生存方式的外星种族。他们通过伪装成人类企业，在地球建立“meta-human农场”，将捕获的少年送往致远星充当奴隶或实验品。
联盟内部的矛盾与分裂成为推动剧情的关键。面对联合国对meta-human问题的严格限制，联盟高层选择保守策略，避免公开冲突；而夜翼、阿耳忒弥斯、脉冲等成员则认为必须打破规则，成立独立行动小队“局外人”。这支小队摆脱联盟束缚，直接渗透贩卖网络，揭露致远族的阴谋，与“光明会”残余势力、致远族特工展开激烈对抗。
新角色的加入为剧情入张力：星火柯莉安妲用塔马兰星科技协助追踪致远族踪迹；地狱神探约翰·康斯坦丁以魔法手段破致远族的维度传送装置；而被致远族掳走并改造的meta-human少年“野兽小子”凯尔·雷纳，在逃离后成为局外人的重要战力，其内心的创伤与成长构成情感支线。
高潮部分，局外人与联盟精锐联合突袭致远族位于哥谭地下的“致远星试验场”。这里不仅是meta-human的囚牢，更是致远族启动“次元榨取仪式”的关键地点——他们试图通过仪式吸干地球meta-human的能力，为致远星提供能源。战斗中，夜翼与致远族首领“处女”展开心理与战术博弈，最终以牺牲部分科技装备为代价，摧毁仪式核心，救数百名被囚少年。
结局并未带来彻底和平：致远族虽暂时撤退，但其在银河系的势力仍对地球虎视眈眈；局外人的行动虽打破meta-human贩卖链条，却也让人类社会对超能力者的恐惧加剧。联盟与局外人的关系从对立走向合作，暗示未来将共同面对更复杂的星际威胁与地球内部的meta-human权益问题。
第三季以“隐秘战争”为底色，将少年英雄的成长与外星阴谋、社会议题交织，既延续前两季的团队协作精神，又深化了对“正义”边界的探讨——当规则法保护弱者时，打破规则是否是唯一的选择。