传说水元石的诞生与水神玄冥有关。玄冥为混沌中诞生的古神，掌管天下万水，见洪荒水脉紊乱，便取自身本源精元投入北海，以神力镇压水患。这股精元与北海深处的先天壬水之气相融，历经千年雷劫、万年冰封，最终凝结成一块通体湛蓝的晶石，其内部可见水流状的纹路，触之冰凉，能引动方圆百里的水汽，此即水元石。
水元石诞生后，被玄冥置于不周山巅的水神殿，作为平衡四海八荒水脉的枢纽。每当洪水泛滥或旱情肆虐，玄冥便以水元石之力调节水位，润泽万物。后共工怒撞不周山，天柱崩塌，水神殿被毁，水元石坠入凡间，分成七块碎片散落四方：一块沉入东海归墟，一块藏于昆仑冰渊，一块隐于云梦泽底，其余四块则随着地质变迁深埋地下，成为后世传说中的“控水圣物”。
据《山海经·大荒东经》记载，上古先民曾在东海之滨发现水元石碎片，其石能化雾为雨，令方圆千里五谷丰登。战国时期，墨家弟子曾试图寻回水元石以治水患，却因触动石中封印的洪荒水煞而失败。直至秦汉时期，一块水元石碎片被方士献给秦始皇，置于阿房宫的“水德殿”，据说秦陵地宫的水银江河，便是以此石为引。
如今水元石的真身已人得见，但关于它的传说仍在延续。有人说在西藏纳木错湖底见过蓝光闪烁，有人称在马里亚纳海沟探测到异常水脉波动，这些都被认为是水元石碎片的感应。这块诞生于洪荒、承载着水之本源的奇石，始终是华夏文明中“水润万物”理念的象征，其神秘来历也成为千古未的谜团。