潜入雨隐村后，自来也伪装成情报商人，暗中搜集信息。当他确认佩恩六道的存在时，战斗不可避免地爆发了。面对佩恩六道的围攻，自来也开启仙人模式，召唤深作、志麻两位蛤蟆仙人，以“仙法·五右卫门”“仙法·大玉螺旋丸”等忍术反击，一度压制修罗道、畜生道等佩恩分身。 但佩恩六道的配合天衣缝，天道的“神罗天征”、饿鬼道的吸收忍术、地狱道的复活能力，让自来也渐渐陷入被动。
战斗中，自来也发现佩恩六道的成员都有一个共同点：他们都是自己曾经游历雨隐村时遇到过的忍者。当他击败修罗道、人间道后，从濒死的人间道口中逼问出关键信息——佩恩六道的本体，竟是自己曾经的弟子弥彦、长门、小南三人中的长门。 这个真相让他震惊，也让他意识到，眼前的“佩恩”早已不是当年那个需要他保护的孩子。
为了确认佩恩本体的位置，自来也决定冒险深入。他用“黄泉沼”困住饿鬼道，却被天道的“万象天引”击中，身体被贯穿。即便如此，他仍凭借顽强的意志，用“仙人模式·蛙鸣”干扰佩恩视野，试图寻找长门的踪迹。最终，天道发动“神罗天征”，将重伤的自来也击飞，他的身体坠入冰冷的雨隐村海底。
沉入海底前，自来也用尽最后力气在蛤蟆仙人背上刻下暗号，将佩恩六道的秘密传递给木叶——“没有本体”。这个情报，成为后来鸣人击败佩恩、拯救木叶的关键。他的生命，最终化作守护木叶的最后一道防线，正如他常说的“忍者的世界，不能没有梦想”，他用死亡诠释了梦想与责任的重量。