理藩院是清朝专为治理多民族边疆与处理对外关系设立的中央行政机构，是清王朝整合疆域、维系国家统一的关键工具。
它的前身是崇德元年1636年皇太极设立的“蒙古衙门”——彼时清朝刚征服漠南蒙古，需专门机构处理与蒙古部落的封爵、朝贡、联姻等事务。随着清朝势力向漠北、西藏、新疆延伸，崇德三年1638年，“蒙古衙门”更名为“理藩院”，职能从蒙古扩展至所有边疆民族地区，与吏、户、礼、兵、刑、工六部并列，成为中枢“七部”之一，长官为理藩院尚书，由满、蒙贵族担任——这既是对边疆事务的重视，也因蒙族官员更熟悉草原与高原的习俗。
在清朝的中枢体系里，理藩院的地位与六部平等，却有更特殊的职责：它管着边疆民族的行政、司法、宗教、贸易全流程。比如对蒙古，理藩院划定盟旗蒙古的行政区划，任命盟长、旗札萨克旗长，审核蒙古王公的爵位承袭；对西藏，理藩院负责达赖、班禅的册封仪式，监督“金瓶掣签”认定转世灵童，还要协调驻藏大臣与西藏地方政府的关系；对新疆回部维吾尔族地区，理藩院管理“伯克”地方官员的任免，规范税赋与朝贡；甚至对沙俄，理藩院也负责边境贸易、使臣往来——《尼布楚条约》后，中俄的通商与划界事务均由理藩院主导。
理藩院的核心作用，是将边疆民族地区纳入中央直接。比如蒙古王公虽有封地，但需向理藩院报备承袭，且不能随意扩张领地；西藏的宗教领袖虽受信徒尊崇，但其身份需理藩院确认；回部的伯克虽管地方事务，却要接受理藩院的考核。就连司法权，理藩院也握有主导权——边疆民族之间的纠纷、蒙古人与汉人的冲突，均由理藩院下属的“理刑司”按《理藩院则例》裁决，而非地方官府。
宗教是理藩院管控边疆的重要抓手。清朝尊崇喇嘛教，理藩院专门设“喇嘛印务处”，管理全国喇嘛寺庙的等级、僧官任免，以及转世灵童的“金瓶掣签”——每当达赖或班禅圆寂，候选灵童需经理藩院派大臣监督，用金瓶抽签确定，确保中央对西藏宗教领袖的最终任免权。
贸易与朝贡也是理藩院的日常工作。蒙古的“互市”市场需理藩院批准开设，西藏的朝贡使团路线、人数由理藩院限定，甚至沙俄商人到恰克图贸易，也需理藩院发放“路票”。这些具体事务，将边疆与中央紧紧连在一起：蒙古王公要通过理藩院领俸禄，西藏喇嘛要通过理藩院得封号，回部伯克要通过理藩院获官职——理藩院成了边疆与中央之间的“桥梁”。
对清朝而言，理藩院不是“外交机构”，而是“内政机构”——它处理的蒙古、西藏、新疆事务，都是清朝的“内属”地区，而非“藩属国”。比如理藩院管的“对外关系”，主要是与沙俄这类接壤邻国的边境事务，本质仍是疆域管理的延伸。
理藩院的存在，让清朝能以统一的制度框架治理从东北到西北、从草原到高原的广阔边疆。它不只是一个机构，更是清朝“多元一体”国家结构的体现——通过理藩院，蒙古的骑兵、西藏的喇嘛、新疆的伯克，都成为清朝统治体系的一部分，共同维系着东起库页岛、西至巴尔喀什湖的庞大疆域。